1. Nedostatak pravne sigurnosti

Podijeljeni pravosudni sistem unutar BiH, jedan na nivou države, dva na nivou entiteta i jedan na nivou Brčko Distrikta, te neusaglašenost zakona vrlo često građane dovode u nejednakopravan položaj zbog primjene različitih zakona (npr. krivični zakoni) a što prouzrokuje i neujednačenu sudsku praksu, što je rezultat nepostojanja vrhovne sudske institucije (Apelacioni sud BiH ili Vrhovni sud BiH) čiji bi osnovni zadatak bio da usaglasi sudsku praksu kao i primjenu materijalnog prava. Zbog ovakve situacije često se krše ljudska prava. Zbog nedostatka političke volje za promjenu Ustava BiH, kojim bi se jasno utvrdila pozicija sudske vlasti, teško je predvidjeti kada bi se ove izmjene mogle dogoditi, premda je to jedan od uslova predviđenih poglavljima 23 i 24 Aquis communautaire-a. S druge strane sudstvo na nivou entiteta je apsolutno autonomno u odnosu na sudstvo države.

2. (ne)Definisane nadleznosti izmedju tuzilaštava razlicitih nivoa

Vrlo često se dešava da tužilaštvo vodi postupak i podigne optužnicu pred nadležnim sudom a isti utvrdi stvarnu nenadležnost te se predmet dostavlja nižem tužilaštvu što odugovlači čitav postupak i čini sudsku vlast neefikasnom. Takvih slučajevima je nažalost bilo i ranije i uvijek se radilo o tzv. "velikim predmetima". Zbog toga bi trebalo uskladiti zakone o krivičnom postupku kako bi se spriječile ovakve pojave.

3. Finansijska nezavisnost sudske vlasti

Potrebno je centralizirati finansiranje sudske vlasti jer postojeći način finansiranja, naročito u FBiH, je neprihvatljiv, jer se sudska vlast na nivou kantona finansira iz kantonalnih budžeta i vrlo često se dešava da tužilaštva i sudovi nemaju sredstva za vođenje sudskog postupka, plaćanje sudskih troškova (naknade vještacima, svjedocima), što utiče na efikasnost suda i rad tužilaštva i upravo kroz takav vid finansiranja može se vršiti opstrukcija rada motivisana političkim razlozima. Zato je potrebno, u cilju stvaranja uslova za efikasan rad sudske vlasti centralizirati način finansiranja kroz tzv. "sudski budžet". Ovo treba učiniti i zbog obima posla sa kojim je suočena sudska vlast i kako i zbog potrebe za većim brojem sudija i tužilaca, tako kao i tehničke opremljenosti. A vrlo su česte opstrukcije od strane političke vlasti koja obezbjeđuje budžetska sredstva sudskoj vlasti.

4. Nezavisan izbor sudija i tuzilaca

Iako je formirano Visoko sudsko i tužilačko vijeće (VSTV) koje je nadležno za izbor sudija i tužilaca, još uvijek zbog samog sastava VSTV nije uklonjen u cijelosti politički uticaj na izbor tužilaca i sudija. Iz tih razloga bi trebalo transformisati VSTV i formirati posebno VSV i VTV, čime bi se omogućilo da sudije biraju sudije a da tužioci biraju tužioce, ili transformisati VSTV i u okviru njega formirati dva pod-vijeća, jedno za izbor tužilaca a drugo za izbor sudija čime bi članovi tih pod-vijeća nosili svu odgovornost za izbor najkvalitetnijih sudija i tužilaca.

5. Saradnja izmedju tuzilaštva i sudova sa drugim agencijama za zaštitu zakona (SIPA, OSA, policija itd.)

Svjedoci smo da vrlo često zbog nedostatka prave koordinacije, naročito u istražnom postupku, između tužilaštva i agencija za zaštitu zakonitosti je onemogućena tajnost istrage, tako da često dolazi do tzv. „curenja“ bitnih informacija što otežava samu istragu kao i nesaradnja drugih državnih institucija koje ne dostavljaju traženu dokumentaciju od strane tužilaštva, tako da za neke informacije javnost prije sazna nego što sazna javni tužilac ili sudija. Zato bi zakonom trebalo utvrditi koordinaciju, nedležnost ili pak formiranje posebnog ureda u okviru postojećih institucija koji bi radio na zaštiti zakonitosti i koji bi na sebe preuzeo ulogu provođenja naredbi tužilaštva ili suda (USKOK ili slično).

6. Stvarna nadleznost sudova

Jedan od velikih problema je veliki broj predmeta u radu sudova, negdje oko 2.000.000, a od toga broja preko 1 milion su sporovi iz komunalne oblasti. To je i razlog zašto bi trebalo razmišljati da se ti predmeti rade na drugi način i da ne budu u nadležnosti sudova (putem određenih agencija koje bi preuzele nadležnost iz ove oblasti) čime bi se omogućilo da daleko veći broj sudija radi na predmetima iz oblasti krivičnog i građanskog prava a što bi sigurno povećalo efikasnost rada sudske vlasti.